虽然九一一纪念博物馆仍未全部完成，但罹难者家属已就其管理问题出现歧见，有些人认为该由联邦接管，而有些人却认为该由市长的基金会管理。

「纽约邮报」报导，退休消防局副指挥官李察士(Jim Riches)说，国家公园局必须接管纪念馆，以保持长期运作。

李察士是消防员和世贸中心罹难者家属的领袖。他说：「九一一纪念馆不是纽约市独有，而是全国的。」

由于纽新航港局与彭博市长主持的基金会去年发生融资纠纷，博物馆的工程止步不前。

李察士唿吁航港局跨过市长，直接与联邦合作。这样，当基金会的营运执照2013年到期后，公园局可以顺理成章的接管。

但「9/11 Families for a Safe & Strong America」的共同创办人黛布拉．伯林格姆(Debra Burlingame)说，这样做是对基金会的一种侮辱，基金会现已筹了4亿5000万元。

伯林格姆说：「由公园局接管并不合理。」她是基金会成员，她的兄弟是机师，其驾驶的飞机被恐怖分子劫持撞向五角大楼。

彭博的发言人朱莉．伍德(Julie Wood)说，移交联邦管理，会使纪念馆陷入政治斗争泥潭。她说：「大多数罹难者家属只想纪念馆顺利开放。」

有些人希望公园局能够更尊重罹难者。莎莉．里根哈特(Sally Regenhard)的儿子，是葬身世贸中心的消防员，其遗骸仍未找到。因此，她对把身分未明的骸骨放在纪念馆的墙壁，而不是安葬在地面的坟墓，大感愤怒。她说，这样做不尊重她的儿子。