根据首次对丢入金山湾的垃圾进行的综合调查发现，湾区居民每年丢弃和流进金山湾的厨余垃圾，足够装满10万个垃圾袋。

充满被随意丢弃的快餐包装、塑胶瓶罐、纸袋与菸蒂的垃圾潮汐从陆地进入下水道，再在雨季进入溪流河道，最终被沖入海湾。以城市规模而言，圣荷西与屋崙市的污染最多不足为奇。但圣马刁县小小的柯尔玛市与东湾的匹兹堡、艾尔塞利度和列治文市，却是人均「最爱乱丢垃圾」的区域。

进行调查的「湾区雨水管理机构协会」主任乔夫．布罗斯乌说：「这是完全可以避免的，垃圾不会自行产生。如果能纠正人们的行为，我们将受益无穷。」

此次调查是一项大型海湾清理计画的一部份。2009年，州政府要求各市、县在2014年前，将流入海湾中垃圾减少40%，否则将面临罚款。而计画的最终目标是到2022年，完全不再有垃圾流入海湾。

调查发现，圣他克拉拉、圣马刁、阿拉米达与康曲柯士达县的76个城市，每年有136万加仑垃圾从下水道经溪流进入海湾。旧金山由于设有特殊的污水、雨水收集过滤系统，未计入其中。北湾尚未受新规定制约的各县也未计入。

这些垃圾中，49%为塑胶物品，包括糖纸、薯片袋、杯盖与吸管等。21%为纸张，8%为塑胶购物袋，7%为塑胶泡沫，其余则为瓶罐和其他垃圾。垃圾不仅污染环境，还威胁到野生生物的生存与纠缠船只的螺旋桨。大部份垃圾进入太平洋后，在夏威夷以北匯成大太平洋垃圾带的一部份。