在世贸遗址兴建的九一一国家纪念博物馆，包括广场上设计独特的两座省思池和人造瀑布，以及兴建中的自由塔和地下博物馆，虽然可呈现令人感动的景观和场面，但未来将付出的营运成本却十分惊人。

九一一基金会表示，九一一国家纪念博物馆约7亿元的计画完成后，估计每年营运成本将达6000万元。该预估成本已引发批评，当局亦担忧若无联邦政府的补助，将难以维持。

与其他知名地标相较之下，九一一国家纪念博物馆的营运成本显然过高。「盖茨堡国家军事公园博物馆」今年的维持预算840万元、纪念珍珠港事件的亚利桑纳号博物馆预算360万元。而建有1万4000个墓碑，每年约有近400万人次参观的阿灵顿国家公墓，每年营运成本也仅4500万元。

九一一基金会表示，由于九一一国家纪念博物馆面临特殊的挑战，难以与其他国家纪念馆做比较。以防范恐怖攻击的考量为例，该基金会计画投入至少五分之一的营运预算，即每年约120万元用于雇用私人保全；民众进入纪念广场参观时，则必须先通过类似机场安检站的检查，另外并有武装警卫四处巡逻。

九一一基金会发言人佛瑞泽(Michael Frazier)表示，象徵世贸双塔位置的两座巨型水池，每年营运成本即高达450万元至500万元。

国会参议员井上健(Daniel Inouye)曾提议由国家公园局每年补助2000万元，但已遭其他议员反对。国家公园局官员亦表示，分摊2000万元已超过该局的负担能力。