州交通厅文件显示，海湾大桥东段新桥的自行车道，因设计瑕疵、工艺误差与螺栓断裂，令自行车道仅栏杆系统便超支380万元。

全长2哩的自行车道虽然尚未东西贯通、只到芳草岛，但已大受湾区民众欢迎。自行车道将在2016年、西段旧桥拆除后贯通。

州交通厅的文件显示，自行车道两侧栏杆的瑕疵，特别是29道在紧急情况下可进入道路的紧急门，在2007年至2008年初便发现。州交通厅官员表示，这些问题都已改善，自行车道可安全使用。

虽然380万元不过是新桥总体64亿元耗资的极小一部分，但州交通厅为新桥明显的部分进行如此昂贵的维修令人担忧。32根螺栓断裂，已促使州交通厅重新设计一部分抗震稳定结构。

州交通厅检查员罗斯（Greg Roth）在2008年便发现，自行车道围栏有问题，并记录在他向主管提交的施工日志中。他在2008年3月抱怨，发现栏杆多处缺陷，但州交通厅未要求包商改善便验收。罗斯发现等问题包括，北侧的栏杆门无法完全打开、栏杆格子与门不匹配、用于固定两侧栏杆的零件有瑕疵。

罗斯发现，栏杆门未使用正确部件，令门完全打开或关闭。许多金属格栅长短不一，不是设计有误便是未正确安装。罗斯表示，他与州交通厅工程师巴兰（Kannu Balan）多次会晤，报告问题；最终被告知，州交通厅认为这些为设计瑕疵，包商无须修缮。

罗斯说，自行车道包商Kiewit/FCI/Manson、次级包商海沃市坤和铁器工程公司，均漠视问题所在；州交通厅只得另寻包商设计或更换栏杆。最后州交通厅在2011年，向海湾大桥主承建商American Bridge/Fluor支付300多万元维修围栏。