联邦农业部动物福利处针对旧金山加大进行系列调查，爆出了令人战慄的结果。由于疏忽或失误，实验用老鼠未经麻醉即被摘除脚趾。一些鸟与松鼠猴在手术后未使用止痛剂。一猴子挨饿数周，一老鼠干渴致死。还有一只长期患有痛苦併发症的猕猴被关在脑部研究室两年。

旧金山加大拥有全国最大的医疗研究计画，透过对数以百计的动物研究，研发新疗法。去年，旧金山加大85%（80万只）的实验室动物为啮齿类、两栖类、鱼类与爬虫类。大学还拥有98只灵长类、162只鸟与467只兔子。

今年，一只猕猴的报告引起了善待动物协会重视。报告称，名为佩特拉的雌性猕猴约2008年3月抵达加大实验室，当年12月，为研究帕金森氏症，研究人员在牠头骨植入装置，以便直接对脑部进行基因治疗。装置在七个月后移除，但部分螺钉仍留在猕猴头骨上。猕猴不断抓挠头部创口，抗生素与止痛药治疗无效，对猕猴手术治疗依然无效，只得移除螺钉。但伤口一直无法痊癒。猕猴仍被用于研究，最后被安乐死。